對死豬或犧牲的病豬進行尸體剖檢(postmortem examination, necropsy)是確定死因、病因和診斷豬健康問題的最好方法。尸體剖檢不僅能用肉眼視檢內(nèi)臟器官，而且能進一步作許多診斷試驗補充檢查結(jié)果。許多器官包括肝、肺、腸和腦等可以采取組織樣品作顯微病理組織學(xué)檢查。從許多內(nèi)臟器官可以分離細菌和病毒獲得更肯定的答案。利用組織診斷常做的試驗是螢光抗體試驗，可以指示組織中是否存在特異病毒。如果懷疑中毒，可以利用組織做毒理學(xué)試驗。在大多數(shù)情況下，生物毒素或無機毒素沉著在肝或腎中，可以選擇這些組織做毒素測試。
所有這些程序或試驗使獸醫(yī)比只檢查病畜獲得更多的資料。病畜臨床診斷和病史對構(gòu)造完整的疾病圖像極其重要。
尸體剖檢的一個不利之處是犧牲活豬，造成經(jīng)濟損失。但是，在屠宰場檢查，能夠大體檢查動物而節(jié)省了屠體。這種程序的好處是可以監(jiān)督幾種疾病，包括肺炎、萎縮性鼻炎、胸膜炎、毛囊蟲和圓蟲。
尸體剖檢程序的第一步――將豬切開可以由生產(chǎn)者很容易地完成，但是，大多數(shù)疾病的實際診斷需要訓(xùn)練有素的獸醫(yī)。在大體檢驗中，嚴(yán)重的肺炎或腸炎容易查出，但還需要鑒定病原。此外，大多數(shù)疾病狀況是復(fù)雜的，特定疾病的特異病變很少看到。生產(chǎn)者可以剖檢小死豬確定是否是被母豬壓死的還是死胎。但是，大體檢查通常不能鑒別仔豬腹瀉。
尸體剖檢的另一個不利之處是必須在死后變性不太嚴(yán)重時盡快進行。夏季須在死后4-8小時之內(nèi)完成，冬季不得超過18-24小時。但是，小豬可以冷凍起來防止死后變化，冷凍也可以保存許多細菌和病毒以便分離鑒定。
完全的尸體剖檢需要大量時間，并支付診斷費用。但是，當(dāng)我們檢查由于死后診斷動物受到保護的所獲得利益時，為做出更好診斷而進行的完全尸體剖檢所付出的代價是小的，有些原因不明的情況，本來無需使用的抗生素，而花費了大量金錢。進行死后剖檢可以避免花費許多不必要的開支。
當(dāng)死因不明或豬群中出現(xiàn)幾頭死豬的情況下應(yīng)進行尸體剖檢。如果病豬對治療無反應(yīng)，或者有幾頭豬變成生長不良或慢性狀態(tài)，犧牲一頭豬做剖檢可能發(fā)現(xiàn)原因。這些豬可能有慢性肺部感染或胸膜炎。當(dāng)前的慢性生長不良豬可能只有少許改善，但對下一群豬的類似問題可以采取措施加以預(yù)防。
前面已經(jīng)討論過，在豬死亡以后，尸體剖檢進行越快、準(zhǔn)確診斷的機會越多。犧牲一頭急性病豬常常比一頭死豬得到的資料更多。急性病豬的器官內(nèi)仍然存在病原，從新鮮標(biāo)本中分離細菌或病毒的機會大大提高。有些病毒，特別是引起腹瀉的病毒，在發(fā)病后12-24小時內(nèi)消失。如果診斷實驗室要發(fā)現(xiàn)病毒，急性患病動物會使診斷成功機會大大提高。另外，剖檢慢性病豬常只能發(fā)現(xiàn)繼發(fā)細菌感染。如果分離到這些細菌并報告出去，就會發(fā)生錯誤診斷。例如，如果檢查一頭已經(jīng)腹瀉4-5天的10-14日齡的豬，可能從腸道中分離到大腸桿菌。但是，原發(fā)病因可能是傳染性胃腸炎病毒或輪狀病毒。這些病毒很久前已經(jīng)消失，針對大腸桿菌治療不會有結(jié)果。
尸體剖檢可以在農(nóng)場、獸醫(yī)室或州立診斷實驗室進行。如果有幾頭豬死亡或豬太大，獸醫(yī)應(yīng)到農(nóng)場剖檢，檢查畜群，獲得病史。如果豬小，獸醫(yī)已經(jīng)了解豬群，可將豬送到獸醫(yī)室，不僅節(jié)約生產(chǎn)者的路途費用，獸醫(yī)也可以利用活豬或死豬做更多的試驗。獸醫(yī)可以選擇組織和診斷樣品，送到州立診斷實驗室。州立診斷實驗室的裝備明顯比私人獸醫(yī)好，遇到困難病例時應(yīng)該利用。活豬或死豬可以送到這些實驗室進行全面診斷。還應(yīng)強調(diào)的是，如果將豬送到實驗室需要時間和費用，可以將有代表性的病豬或新近死亡豬送到診斷師處。
尸體剖檢和所有的診斷試驗完成之后，可以組成疾病圖象，形成診斷。生產(chǎn)者、獸醫(yī)和實驗室人員共同工作，常能分離到病原，提出治療和預(yù)防計劃。尸體剖檢檢查是維持現(xiàn)代豬場豬群健康的一個有價值的工具。